Existen dos: una acreditación institucional y una acreditación de carrera.
Es una certificación de calidad y es otorgada por la Comisión Nacional de Acreditación, CNA-Chile, después de evaluar los antecedentes otorgados por la institución y los informes realizados por sus pares evaluadores.
Existen dos áreas obligatorias que toda institución debe certificar al momento de someterse a la acreditación: Gestión Institucional y Docencia de Pregrado. Santo Tomás cumple con ambas.
La acreditación de carreras y programas certifica la calidad en función de sus propósitos declarados y de los criterios establecidos por las respectivas comunidades académicas y profesionales. De este modo se acredita la calidad de todos los elementos asociados al diseño curricular, recursos comprometidos y resultados del proceso enseñanza-aprendizaje.
Para el caso de la acreditación de carreras existen agencias acreditadoras responsables de certificar las carreras de aquellas áreas profesionales y disciplinarias en las que están autorizadas por la CNA-Chile.
Universidad Santo Tomás se encuentra acreditado nivel avanzado hasta el 2025, Instituto Profesional Santo Tomás se encuentra acreditado nivel avanzado hasta el 2026 y el Centro de Formación Técnica Santo Tomás se encuentra acreditado 5 años hasta el 2024.